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一、存在問題分析
(一)成本增加致使內控制度發展緩慢
只有建立了嚴密的控制程序才有可能使得內部會計控制系統正常運行，同時，如果在內部控制系統設置環節多，可能醫院內部控制效果就可能會好，這樣控制的目的就較為容易達到，但每一個程序的執行都需要在人、財、物方面增加成本支出。一般來說，決策層為了追求少投入、低成本，往往不愿意在內控方面增加力、財、物的投入，有些決策層不設或盡量減少內部控制系統設置的環節，這樣一來，雖然降低了醫院管理成本，但內部會計控制的作用卻得不到發揮，制約了內部會計控制的發展。
(二)內部控制人員素質有待提高，制度更新顯得滯后
在內部控制系統中，會計人員的素質水平顯得尤為重要和突出，這將直接影響整個內部控制系統的正常運行。一方面，部分會計人員職責操作意識不強，工作中缺乏主動性，思想上缺乏責任性，有的無視財經法規，弄虛作假，使會計信息嚴重失真，更談不上內部控制制度的建立和實行；另一方面，部分會計人員的專業理論水平沒有適時提高，面對日趨復雜的經濟環境，如果不能及時發現新情況和新問題，從而沒有適時做出應有的補充和調整，墨守成規，缺乏科學的管理控制方法，也給實行內部控制帶來了影響。
(三)監督機制評價準則并無統一
對于部隊醫院內部控制制度中，目前還沒有統一內部監督和評價機制，在醫院內部，缺乏對決策層的約束監督，缺乏部門之間、崗位之間的相互制衡；在外部，盡管我國已形成了包括政府監督和社會監督在內的醫院外部監督體系，但對部隊醫院而言，外部監督是缺失的，僅有來自上級業務部門的內部監督效果也不盡如人意．一是外部監督的標準不一，缺乏橫向溝通，未能形成有效的監督合力．二是監督沒有按照內部控制設定的目標進行，有的甚至以平衡預算和創收為目的，監督弱化問題嚴重。
二、完善醫院內部控制制度的主要措施
(一)改善內部環境，做好醫院內部會計制度宣傳工作
醫院決策層應深刻理解和充分認識建立醫院內部會計制度的重要性，重視單位內部控制制度的建立工作，明確單位負責人對本單位內部會計控制的建立健全及有效實施負責．這需要醫院財務部門依據會計制度的要求做好宣傳和講解工作。
(二)結合醫院實際，完善醫院內部會計控制制度
醫院財務部門在認真學習和領會內部會計控制的實質基礎上，結合醫院業務流程，制定一套完整的相關內部會計控制，主要包括有：貨幣資金、工程項目、醫療收費、采購與付款、籌資、成本費用、對外投資等經濟業務的內部會計控制。具體做法有：
1.可以合理設置會計相關崗位，并且明確職責權限，同時形成相互制衡機制的條件，做到不相容職務相互分離的控制，其中不相容職務包括：會計記錄、業務經辦、授權批準、財產保管、稽核檢查等職務。各職能部門授權一定要明確，因崗設人，責任到位。
2、根據會計系統控制要求，才能制定適合部隊醫院實際的《部隊醫院會計制度》，同時建立和完善會計檔案保管和會計工作交接辦法，另外，明確會計憑證、會計賬簿和財務會計報告的處理程序，實行會計人員崗位責任制，充分發揮會計的監督職能。
4、按照預算控制要求，制定《部隊醫院預算編制暫行規定》，加強醫院預算編制、執行、分析、考核等環節的管理。
5、按照財產保全控制要求，限制未經授權的人員對財產的直接接觸，制定《醫院實物資產管理規定》，明確對現金、藥品、耗材等物品的接觸人員范圍控制和計價核算。
6、在全面反映緊急活動情況的基礎上，重點對于業務活動中的重要信息進行分析，同似乎參考內部報告要求，在整體上增強內部管理的有效性。
(三)完善對內部控制制度的有效評價體系
對醫院內部控制制度的評價，按照按照制定內部會計控制制度的目標和原則來看，主要從以下四個方面來看。（1）健全性，也就說在各個內部控制環節需要全面的按照上述幾個方面采取基本控制措施，并且遵守相關基本原則，并考慮各個環節之間的銜接問題，在此基礎上，建立必要的檢查監督機制。（2）實用性，按照嚴格遵循實際情況的要求，做到實事求是，不盲目照搬照抄，如果不加分析的盲目挪用，必將對于醫院內部控制制度帶來混亂；（3）協調性，充分考慮內部控制各個環節必須相互協調，同時保證內部控制制度與醫院總體目標的一致性；（4）經濟性，應該按照遵循內部控制成本效益原則，也就是說，判斷措施的可行性標準是判斷控制措施所帶來的效益是否大于其實施成本，但是需要指出的一點是，應該在考慮經濟性的基礎上，考慮到健全性的發展，最好做到兩者兼顧發展。
(四)內部會計控制如何得以加強
在內部控制工作的基本框架中，如何建立健全的內部控制制度，取決于以下幾個方面的內容：（1）用人應該嚴格。主要針對各個崗位的領導，比如總會計師、財務科長及財務人員的選拔，應該確保人員的專業素質；（2）做好崗位培訓，為了達到會計人員能夠分析內部控制制度作用弱化的原因以及找出薄弱環節，切實提高會計人員的政治素質和業務素質，使其為醫院不斷完善內部控制獻計獻策，發揮應有的作用，應該。醫院應進行多層次、全方位會計人員崗位培訓和交流。（3）加強職業道德教育。這有職業道德教育得以加強，醫院內部控制制度發展才有所保證，同時應該做到有些崗位實行定期或不定期的轉換制度，以便達到相互牽制、相互監督。這樣為了效保障單位內部的控制制度得到切實的貫徹，需要確立全員全過程的內部控制意識，使每個職工都能自覺對照內部控制制度的要求來規范和修正自己的行為。
三、結束語
醫療單位內部控制問題的有效進行，必須通過全方位的管理模式，同時把行政手段、經濟手段和法律手段充分發揮運用，保證內部控制制度的順利實施，從而建立完善的會計內部控制制度。