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一、動物防疫體系建設
1.加快防疫機構建設。
2003年，州黨委、州人民政府出臺了《關于開展“動物防疫體系建設年”活動的決定》，決定利用3年時間在州、縣市、鄉鎮、村組建立健全動物防疫組織機構，重點是建立健全村級防疫點建設。按照“村聘、鄉批、縣核、站管”的原則，該州選拔了750名村級防疫員充實到基層防疫員隊伍中，基本建成了州、縣、鄉、村四級動物防疫網絡。
2.推進獸醫體制改革。
2006年，該州率先在全疆推行了獸醫體制改革，對州畜牧獸醫局所屬事業單位性質、編制、職能等進行了重新調整和認定。州、縣市共設立8個畜牧獸醫局、8個動物疾控中心、8個動物衛生監督所、5個動物疫情測報站、67個鄉鎮畜牧獸醫站，實現了鄉鎮獸醫站“人、財、物”三權歸縣管理，標志著該州獸醫體制改革順利完成。
3.不斷完善軟硬件建設。
結合國家動物防疫體系建設，采取項目支持和地方自籌的方式，先后申請各級動物防疫體系建設項目167個，累計完成建設資金3230.91萬元，其中：中央投資1891.2萬元，自治區投資445萬元，地州配套363.5萬元，縣市配套資金441.77萬元，鄉鎮自籌89.44萬元。在開展硬件建設的同時，先后制定了《昌吉州鄉鎮獸醫站管理辦法》《昌吉州村級防疫員管理法》《動物檢疫管理辦法》等10余項制度，基本形成了用制度管站、用制度管事、用制度管人的良好運行機制。近年來，昌吉州廣大獸醫工作者嚴格落實國家、自治區動物疫病防控方針，扎實工作，取得了明顯成效。該州連續4年被評為自治區獸醫工作目標管理先進單位，連續4年未發生重大動物疫情，有效保障了畜牧業健康、持續、快速發展。該州基本建起了一個設備齊全，功能完善，手段先進，指揮靈活，反應快捷的動物防疫體系。
二、畜產品質量安全安全體系建設
為保障廣大人民群眾畜產品消費安全，在州人民政府的大力支持下，該州于2009年成立了昌吉州畜產品質量檢測中心，配備了酶標儀、乳成分分析儀、SNAP檢測儀等畜產品快速檢測儀器及冰箱、冰柜、檢測試紙等基礎設施，該中心于2012年通過自治區質量技術監督局的質量認證。為擴大監測覆蓋面，構建“橫到邊、縱到底、全覆蓋”的檢測網絡，7縣市均成立畜產品質量安全檢測機構與縣市動物疾控中心合署辦公，67個鄉鎮獸醫站均掛畜產品質量監管站牌，設立畜產品質量安全檢測點230個，配合開展畜產品質量安全檢測、監管工作。基本形成了州有檢測中心、縣市有檢測站、鄉鎮有監管站、養殖場（村）有監測點的四級檢測體系。2013年，昌吉州采取每月例行檢測、季度監督檢測和重點節假日檢測相結合的辦法加大對畜產品檢測力度，全年共完成畜產品質量安全抽樣32850批次。同時，深入開展了畜產品質量監管工作，重點對病死動物、動物產品無害化處理，獸藥，生鮮乳收購、運輸環節，養殖環節投入品使用等開展了專項整治，累計開展各類培訓54次，培訓人員1611人；開展各類宣傳活動133次，受益人員65813人；開展監督執法檢查共1101次，檢查各類場所2897家次，整改不合格場所240家次；共查處各類案件139起，其中動物衛生監督案件90起，獸藥案件45起，奶業案件3起，飼料案件1起，涉案金額23.62萬元，罰款金額17.05萬元，確保了動物及動物產品質量安全。
三、草原生態保護體系建設
該州行政區域內草原面積7308萬畝，其中可利用面積6718萬畝，天然草原面積占昌吉州土地總面積的2/3，天然草地不僅是昌吉州重要的畜牧業生產基地，也是該州乃至全疆重要的生態屏障。隨著昌吉州畜牧業經濟的快速發展，草原生態保護工作普遍引起了各級黨委政府的高度重視，各地都采取了一系列積極措施，加強了草地生態保護建設工作，取得了很大成效。
1.實行禁牧休牧和劃區輪牧制度。
結合草原生態保護補助獎勵機制的實施，全州禁牧面積2030萬畝、草畜平衡面積4688萬畝，全州6718萬畝可利用草原全部達到禁牧和草畜平衡。
2.采取“五宜兩結合”定居模式推進牧民定居工作。截至2014年，全州累計實現標準化定居20539戶，占牧民總戶數的80.7%，提前一年完成“十二五”牧民定居任務，全州牧民基本實現定居。定居點基本做到了冷季舍飼，暖季放牧，減輕了天然草原載畜壓力。
3.加大了草原保護建設投入力度。
該州先后實施了“天保”項目、圍欄工程、退牧還草工程、無鼠害示范工程和飛播改良等天然草原保護與建設工程，共投入資金4億多元，建成圍欄草地2719.7萬畝，項目區植被蓋度平均提高了20%～30%，產草量增加了30%～50%。草原生態惡化趨勢得到初步遏制，局部地區生態明顯好轉。
4.持續開展草原生物災害防治。
人工招引粉紅椋鳥、牧雞牧鴨治蝗、招鷹滅鼠等鼠蟲害天敵控制技術，印楝素、肉毒素等生物制劑防治技術得以大面積示范推廣。在7縣市按照“有鼠無害”的標準實施草地“無鼠害示范區”項目建設，建成無鼠害示范區1627萬畝。近年來，每年蝗蟲鼠害防治面積在500萬畝左右。
5.加大人工飼草料基地建設，牧區經濟結構調整取得新成效，綜合生產能力進一步增強。
多年來，昌吉州認真貫徹落實國家、自治區的各項政策，充分利用國家奶牛良種補貼項目、人工種草補貼項目和自治州加快肉產業發展意見，積極推進牧區經濟結構的戰略性調整，推動了該州畜牧業生產及牧區經濟的全面、健康發展。2013年該州人工飼草料種植面積已達到78萬畝，其中優質飼草面積達到40萬畝。
6.草原生態監測預警體系不斷完善。
該州建成各類草原固定監測樣地359個，建立健全州、縣兩級草原站，每個鄉鎮有草原監理員的監測監管體系。
四、畜牧業人才隊伍建設及培訓工作
近年來，昌吉州畜牧獸醫局堅持“外引內調、先聘后招、多崗鍛煉、快速成長”的十六字人才工作方針和“用事業聚集人才，用待遇留住人才，用感情尊重人才，用培養發展人才”的四用原則，有效統領了州直畜牧系統的人才工作，并在全系統上下形成了任人唯賢、知人善用的人才工作嶄新格局。2007年以來，著眼于自治州率先實現“三化”的宏偉目標，認真研究和分析畜牧業發展所需人才的數量、素質和結構，制定了州直畜牧系統中長期人才規劃和年度計劃，并認真抓好落實。幾年來，通過“先聘后招”和“綠色通道引進”等方式，先后招錄和引進全日制碩士研究生18名，充實到局機關和業務站所，碩士研究生占州直畜牧系統干部職工的17%，基本形成了70、80的后備人才梯隊，為自治州現代畜牧業跨越式發展儲備了人才，打下了基礎。同時，在州直畜牧系統內聘請畜牧、獸醫、草原、畜牧業經濟等方面的4位高級工程師為畜牧獸醫局的首席專家，在自治區畜牧廳、畜科院等多家單位、科研院校聘請12名專家學者組成自治州畜牧業專家顧問組，形成自治州畜牧業發展的高級智囊團，真正構建起畜牧業人才隊伍的“金字塔”。同時，為加快人才隊伍成長，結合畜牧業發展趨勢，該局不斷創新培訓方式，采取“走出去、請進來”的形式開展人才培訓工作，聯合清華大學、復旦大學等知名學府以及內蒙古畜牧培訓中心等培訓基地，建立疆外培訓合作長效機制。與自治區畜牧廳、自治區畜科院、新疆農業大學、新疆農業職業技術學院及畜牧業龍頭企業積極合作，按社會化辦學的思路，不斷加強畜牧業培訓基地建設，建立了由新疆畜科院、新疆農業大學及新疆農業職業技術學院的專家學者和系統退休行業權威人士組成的師資庫，始終保持了一定數量的高素質兼職教師隊伍，多渠道、分層次開展各類培訓。針對短期培訓，該局依托畜綜平臺，開展遠程教育，實現州、縣、鄉三級培訓網絡，擴大培訓范圍。僅2013年至今，直接投入170余萬元開展各類培訓，為培訓工作提供基金保障。2014年，該局還積極申報國家外專局項目，將行業專業技術人員送往加拿大知名高校圭爾夫大學進行畜產品質量相關知識學習。通過各類各層次培訓，有效提高了系統人才隊伍的綜合素質，為人才隊伍的成長提供了良好的平臺，同時為畜牧業的高效可持續發展奠定了基礎。