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振興農村經濟，最終取決于科學技術的進步和科技成果的廣泛應用。這已成為全黨和全國人民的共識。但是，與發展其他產業相比，推進科技興農戰略，表現出一個更為復雜的矛盾運動過程。這是因為，它不僅涉及無機世界，而且涉及有機世界；不僅要尊重經濟規律，而且要尊重自然規律。正是由于農業生產所存在的固有的特點，使科技興農必須綜合開發資源、協調發展。
科技興農主要是運用現代的科學技術武裝農業，形成現代農業?，F代農業是在傳統農業的基礎上發展起來的，并不是對傳統農業的全盤否定，而是一種揚棄并存的轉化。它繼承和發揚傳統農業精華，又克服和改造傳統缺點，從而把農業生產力推進到一個新的發展階段。
所謂現代農業是建立在現代科學技術、現代生產手段、現代管理方法基礎上的農業。它的基本特征是用化肥、農藥、農業機械等工業產品裝備了農業，改善了農業生產的環境條件及土壤因素；同時，現代農藝技術通過科學試驗所提供的優良品種、科學的栽培飼養技術以及科學管理方法改善了農業。隨著科技興農戰略的推進，現代農業的優缺點也凸顯出來。
現代農業把農業單位面積產量和勞動生產率推進到一個新的高度。但也同時帶來了弊端。農業生產過量的投入，不但導致投入產出率下降，而且也導致了生態環境的破壞。大量的化肥、農藥等化工產品長年積累的投入，污染了環境，有益于農業的昆蟲、鳥獸及微生物大量死亡；受到水污染的地方，魚類絕跡；農畜產品有害物質的積累對人類健康的危害等。所有這些，正在改變著人類生存和農業生產的環境。所以在運用現代農業手段推進科技興農的進程中，如何處理好開發資源和生態保護的關系，使科技興農步入健康發展的軌道，是我們應當重視的問題。
單一的開發、過度的開發、盲目的開發、掠奪的開發，使我們不知不覺地違背了自然規律，嚴重地惡化了農業生態環境，大自然已經懲罰和正在懲罰著我們。如果我們不能采取科學的態度，正確處理好開發資源和生態保護的關系，必將失去黑土、禍及子孫，喪失生存之地。農業資源是由植物、動物、微生物系統和溫、光、水、土、氣等非生物系統交織而成的十分復雜的生態系統。對這個系統的開發利用，是一個多目標的方略問題。既要充分利用資源，發展農業生產，在較少的資源條件下獲得質量較好數量較多的人們所必須的農產品；又要保護資源，使有限的資源不斷增值更新，使生態系統的物質循環和能量轉化功能不斷增強。走農業綜合開發的路子是解決這一矛盾的好辦法。綜合開發就是要堅持保護和開發并重，實現兩者的辯證統一。
當然，保護是前提。大家知道，土地、水、森林、動植物物種資源是農業生產的自然物質基礎或勞動對象，只有保護好農業自然資源，才能有效地開發利用自然資源。綜合開發是補償和再生資源，保持農業生態的動態平衡，保護資源的永續利用，提高土地生產率的最佳途徑。生態平衡是農業生產的一條基本規律。因此，保護農業的基本生產資料—土地，保護農業的命脈—水，保護陸地生態系統樞紐—森林，保護豐富的遺傳基因—各種農業生物資源，應成為農業綜合開發的首要任務和最根本的指導思想。
實踐證明，對于這樣一個追求多目標的大系統，依靠某一門科學技術或某一部門經濟學都有很大的片面性。只有引用聯系論、整體論的系統的科學思想，采取多學科交叉應用，多手段綜合利用，才有可能保證多目標的實現，才能使科技興農向縱深發展。
農業綜合開發的戰略布局和重點，既不是自然生態經濟區，也不是單純綜合經濟區，而應該是一個綜合生態經濟區。也就是說，它是根據該區的生態環境、資源條件、經濟水平、科技手段、部門類別以及它們之間的有機聯系，能產生最大效益功能的區域單元。這個單元是生態系統、經濟系統和技術系統整合而成農村綜合開發的合理結構，構成科技興農的總體框架，推動農業整體戰略的實現。
